Finch征召Reese加入POI团队之前的秘密及他从事过的任务终于曝光——过去的秘密与现在发生的一系列事件之间存在惊人的联系。

机器指派Root寻找有神秘背景的看门人Cyrus（Yul Vasquez），但Root的出现导致此人面临生命危险。与此同时，Finch也收到了此人的号码，他与Root的冲突不可避免。Colin Dennell扮演一名被转运的囚犯，他的世界与Root产生了交集，但他不知道原因。他后来成为Root的大计划中的「重要棋子」。

Finch和Reese获得的新号码来自一个前政府项目承包人，而此人正在秘密跟踪一个联合国外交官。Finch和Reese必须学会与国际政治圈中的人物打交道，但这里面的水太深了，他们有些难以招架。与此同时，一个敌人试图用卑鄙的手段在与Root的较量中占得上风。