受到生命威胁的麻阳，对于保护自己的安堂抱有复杂的感情，这时，七濑打电话来说发现在哥哥的电脑里找到了和100年后的通信的内容，但暂无法解析……电视上播放了，麻阳和黎士的好友也是次元物理学家的桐生贵志(藤隆宏)在美国失踪的新闻，而此时桐生贵志和沫岛黎士研究所的学员一起竟带着一大块牛肉来访，同时，刑事的苇母衣朔(远藤宪一)与从监狱出狱相识的恐怖分子·川岛(津村知与支)见面…被推下水投入炸弹生死未卜，而另一方面，桐谷健太发现了安堂不是黎士的秘密并向麻阳询问……桐生贵志临走前让麻阳来取留给沫岛黎士的牛肉，谁知枪声响起，桐生贵志竟是被派来的暗杀者同时也是安堂以前给了安堂味觉的伙伴，但是失去了记忆，安堂表示不想和他作战，但系统自动启动……安堂把沫岛黎士的婚戒交给麻阳，麻阳再一次感到安堂是有感情的，邀请一起来吃早饭并给了安堂名字……

负责修理Lloyd的小药丸因对Lloyd和麻阳的关系心生嫉妒而拒绝帮Lloyd修理。小药丸趁Lloyd全身不能动的时候欲消除其记忆进行初始化，Lloyd在与麻阳的接触中对其感情不断升温。麻阳带给Lloyd的安心感，Lloyd为了留住二人的回忆不惜拒绝修理，甚至影响到了任务的执行。随后，赶去救麻阳的Lloyd甚至无法启动战斗模式阿修罗系统，安堂面临最大的危机。二人对阵黎士喜欢的游戏——象棋。麻阳给Lloyd讲述和黎士的回忆，气氛温馨融洽，感情和战斗系统二者只能选其一，遍体鳞伤，随着对麻阳的感情萌芽，Lloyd的身体发生异变，但他仍毫不迟疑奔向麻阳身边，继续守护着她，二人关系密切会阻碍Lloyd执行最重要的任务——「守护」吗

没有了小药丸的Lloyd独自处理伤口，发现了苇母在麻阳门前……此时麻阳的母亲打来电话说自己生病了想看到麻阳和黎士的婚礼，麻阳只好请求Lloyd一起去拍结婚照，一直被麻阳妈妈和麻阳叫黎士的Lloyd，产生了嫉妒的心理，离开了拍照现场也没有回到麻阳家里，麻阳回到家四处找不到Lloyd，给七濑打了电话…Lloyd与暗杀者打斗，暗杀者称自己有家人，Lloyd放走了他，苇母问Lloyd究竟是谁举起枪，而Lloyd想起麻阳说过杀了他他女儿会伤心，便暗暗地受抢了，此时麻阳被暗杀者追杀，Lloyd赶到……敌人破坏了黎士的系统，所以Lloyd已经没有委托人了，但LIoyd有了自我意识，强行执行了原子还原处理，可惜因自己受伤过重被强行初始化……